Dieser Einfluss kann sehr unterschiedlich sein und hängt von der genauen Lage eines Tiefenlagers, der Oberflächenanlagen und Zugangsbauwerke innerhalb der geologischen Standortgebiete und von der Lagerauslegung ab. Wenn wasserführende Schichten (z.B. Lockergesteine des Quartärs, schlecht zementierte Sandsteinschichten der Molasse oder geklüftete und lokal verkarstete Kalksteine des Malms) durchquert werden müssen, muss die Erstellung der unterirdischen Bauwerke grundsätzlich so erfolgen, dass die dauerhafte hydraulische Trennung der verschiedenen wasserführenden Schichten untereinander und der Schutz der Grundwässer gewährleistet ist. Die Oberflächenanlagen und Zugangsbauwerke zum Tiefenlager sind gemäss der Richtlinie ENSI-G03 so auszulegen, dass ein Wassereinbruch von der Oberfläche her in das Tiefenlager verhindert wird und die Wasserhaltung im unterirdischen Bauwerk sichergestellt ist.
Was die Risikosituation während der Betriebsphase des Tiefenlagers betrifft, so hat der Betreiber des Lagers gemäss der Richtlinie ENSI-G03 im Sicherheitsnachweis eine systematische und umfassende Sicherheitsanalyse sowohl des Normalbetriebes der Anlage wie auch der Auswirkungen von Störfällen vorzulegen. Für die Betriebsphase ist eine probabilistische Sicherheitsanalyse durchzuführen. Die dazu notwendige Gefährdungsanalyse durch externe Ereignisse ist gemäss Verordnung des UVEK über Gefährdungsannahmen und die Bewertung des Schutzes gegen Störfälle in Kernanlagen durchzuführen. Dem Einfluss unterschiedlicher Grundwassersituationen auf den Bau und den Betrieb eines Tiefenlagers in den vorgeschlagenen Gebieten wird in Etappe 1 des Sachplans durch das Kriterium 4.2 „Untertägige Erschliessung und Wasserhaltung“ Rechnung getragen. Eine detaillierte Analyse erfolgt stufengerecht erst in Etappe 2, wenn konkrete Standorte innerhalb der geologischen Standortgebiete festgelegt und für das geologische Tiefenlager provisorische Sicherheitsanalysen durchgeführt werden. Darin sind die hydrogeologischen Verhältnisse standortspezifisch zu beschreiben, die realistischerweise zu erwartende Langzeitentwicklung des Barrierensystems darzulegen und die mögliche Freisetzung von Radionukliden (vom Lager bis in die Biosphäre) quantitativ zu bestimmen.