Allfällige Nutzungskonflikte oder Auswirkungen auf die untertägige Erschliessung und dem Bau des Tiefenlagers sind gemäss den entsprechenden, im Sachplan geologische Tiefenlager formulierten Kriterien zu beurteilen. Beurteilt werden die nutzungswürdigen Rohstoffe und die sich daraus allfällig ergebenden Nutzungskonflikte sowie Komplikationen, die im Rahmen der Lagererstellung auftreten können. Insbesondere wird beurteilt, ob innerhalb oder unterhalb des Wirtgesteins beziehungsweise des einschlusswirksamen Gebirgsbereiches aus heutiger Sicht wirtschaftlich nutzungswürdige Rohstoffe (z.B. Salz, Kohlenwasserstoffe, Geothermie, Mineralquellen und Thermen) im besonderen Mass vorkommen oder ob bereits vorhandene Gasvorkommen im Zuge der Lagererschliessung mobilisiert werden könnten. Zusätzlich wird beurteilt, ob eine Erschliessung und Nutzung der Rohstoffe die Barrierenwirkung des Wirtgesteins beeinträchtigen (Schichtverletzung) oder das Lager direkt treffen könnte.
Günstig ist, wenn keine Rohstoffe, deren Nutzung die Barrierenwirkung des Wirtgesteins oder die Sicherheit bei der Lagererschliessung signifikant beeinträchtigen würde, in besonderem Masse innerhalb des Standortgebietes vorkommen. Beim Einengungsverfahren für die Bestimmung der Standortregionen muss deshalb auch tief liegenden Erdgasvorkommen ausgewichen werden.
Für den Betrieb eines geologischen Tiefenlagers schreibt die Richtlinie ENSI-G03 vor, dass für die Betriebsphase Vorkehrungen zur Begrenzung der Strahlenexposition zu treffen und erforderliche administrative und technische Massnahmen festzulegen und vorzubereiten sind, um Störfälle zu vermeiden, beziehungsweise eingetretene Störfälle zu beherrschen. Insbesondere ist mittels geeigneter Massnahmen zu verhindern, dass sich in den Untertagebauten durch Gasproduktion der Abfallgebinde oder Gaszutritt aus dem Wirtgestein oder anderen Gesteinsformationen zündfähige Gasgemische bilden können.
Tief liegende Erdgasvorkommen aus den die Wirtgesteine unterlagernden Schichten (und dem Kristallin) sind in der Schweiz nur aus den Permokarbontrögen bekannt. Aufgrund der geringen hydraulischen Durchlässigkeit der Triasevaporite und der darüber folgenden Wirtgesteine ist kaum damit zu rechnen, dass tief liegende Erdgasvorkommen in den Lagerbereich vordringen. Solche Vorkommen hätten in geologischen Zeiträumen zumindest teilweise bereits über die bestehenden Störungszonen entgasen müssen.
Während des Baus und Betriebs eines geologischen Tiefenlagers ist das Gefahrenpotenzial von Gaszutritten gemäss den gängigen Vorschriften für Untertagebauten (SIA, SUVA) kontinuierlich zu überwachen, beziehungsweise mit den erforderlichen technischen Massnahmen (z.B. Lüftung) zu beherrschen.